У алоэ гниет корень

Для начала - пойти в суккулентный форум.
Там начать тему, в которой подробно описать  проблему - ЧТО за вид, КАК Вы определили гниение и т.д.?
А если коротко - откопать, промыть корни, обрезать все гниющие корешки (или часть ствола, если гниль пошла выше), подсушить с недельку. Посадить в сухую почву.